ミクロン径まで収束させた粒子ビームで試料表面上を走査し、微小領域をミクロンの空間分解能でPIXE分析を行うと、微小領域の元素分布の画像を得ることができます。この原理に基づいた分析装置をマイクロPIXEカメラと言います。この装置を用いると細胞の中の元素分布を調べることができます。
さらに、ミクロン径のビームを金属ターゲットに当てると、特性X線の点線源ができます。これを用いると、ミクロンの空間分解能を持ったCT画像が得られます。この原理に基づいたCTをミクロンCTと言います。
これらの装置も共同利用に供されています。